AUTORA: Thessika Hialla Almeida Araújo.
ORIENTADOR: Luiz Carlos Junior Alcântara.
TÍTULO DA TESE: Caracterização genômica proviral, clínica e epidemiológica da infecção pelo linfotrópico de células T do tipo I (HTLV-1).
PROGRAMA: Doutorado em Biotecnologia em Saúde e Medicina Investigativa – Fiocruz Bahia.
DATA DE DEFESA: 28/11/2016.

Resumo

O vírus linfotrópico de células T humanas tipo 1 foi o primeiro retrovírus humano isolado em 1980. Este agente etiológico está associado principalmente à paraparesia espástica tropical e mielopatia associada ao HTLV (TSP/HAM), à Leucemia/Linfoma de células T do Adulto (ATLL) e à dermatite infecciosa associada ao HTLV (DIH). Estima-se que entre 5 a 10 milhões de indivíduos estejam infectados pelo HTLV e a distribuição da infecção é mundial. Apesar da importância clínica e epidemiológica do HTLV-1, há uma limitação de estudos relacionados às sequências disponíveis nos bancos de dados públicos. Deste modo, este estudo foi dividido em três etapas: a primeira refere-se à avaliação do perfil e das informações disponíveis nas sequências publicadas mundialmente. Entre as sequências publicadas, 93% apresentaram informação sobre origem geográfica e apenas 39% informação sobre a condição clínica: sendo 29% sequencias virais geradas de indivíduos com TSP/HAM e 67,8% de assintomáticos. Ficou clara a escassez destas informações, que são importantes para trabalhos envolvendo a diversidade viral, estudos clínicos e epidemiológicos. Estes resultados direcionaram a realização das etapas seguintes: um segundo capítulo abrangendo as ferramentas disponíveis para a mineração, gerenciamento e genotipagem do HTLV-1 e um último capítulo destinado à geração e caracterização de genomas completos. No segundo capítulo, foram descritas duas ferramentas online, destinadas à estudos relacionados ao HTLV-1: o banco de dados sobre a Epidemiologia Molecular do HTLV-1 e a ferramenta de subtipagem. Nesta descrição, são reveladas não apenas as possibilidades, de estudo para o HTLV-1, disponíveis através dessas ferramentas, bem como foi possível revelar as necessidades inerentes à análise de sequências virais. Na última etapa, foram gerados 31 genomas completos provenientes de indivíduos com diferentes perfis clínicos através da plataforma de sequenciamento Ion Torrent. Estas sequências foram genotipadas através da HTLV-1 Subtyping Tool (descrita no segundo capítulo), sendo todas pertencentes ao subtipo Cosmopolita, subgrupo transcontinental. A análise da distância genética usando o programa MEGA 7.0, demonstrou baixa diversidade intra e intergrupos. O programa Geneious R6 foi usado para análise da região promotora viral para identificar os sítios de ligação de fatores de transcrição. Foram identificadas duas mutações que aboliram o sítio de ligação do fator Sp1. O mesmo programa foi utilizado para identificar SNPs (Single Nucleotide Polimorphism) nas regiões codificantes do genoma. Não foram encontradas associações entre os SNPs e os diferentes perfis clínicos dos pacientes (TSP/HAM, DIH, ATLL, Assintomáticos). Entretanto, identificou-se um maior número global de mutações nas sequencias do grupo assintomático em relação aos sintomáticos. Na avaliação do efeito protéico das mutações, a análise físico-química e a busca de sítios de modificações pós-traducionais, utilizando os programas Network Protein Sequence Analysis (NPSA) e a ferramenta Prosite do GeneDoc, respectivamente, foram realizadas. A análise físico-química demostrou que um SNP nos genes env, região pX e gag, resultou em sequências proteicas (gp46, p13 e p19) com menor antigenicidade. Em contrapartida, uma mutação no gene gag resultou em uma maior antigenicidade em p24. Em relação a análise das modificações pós-traducionais, identificou-se que pequeno número de mutações relacionadas a criação e anulação destes sítios nos diferentes perfis clínicos, sem associação entre eles. Este estudo contribuiu para encrementar o número de genomas completos do HTLV-1 disponíveis em banco de dados. Além disso, os dados gerados sugerem que o maior número de mutações encontradas no grupo de indivíduos assintomáticos pode influenciar a resposta imunológica, e consequentemente, o não desenvolvimento de doença. Para investigar melhor a contribuição destas mutações é necessário gerar e caracterizar um maior número de genomas completos do HTLV-1.

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