AUTOR: Murilo Freire Oliveira Araújo.
ORIENTADOR: Túlio de Oliveira.
TÍTULO DA DISSERTAÇÃO: Desenvolvimento de uma ferramenta de filotipagem para o Human T Lymphotropic Virus type 1 (HTLV-1). 60 f. il.
PROGRAMA: Mestrado em Biotecnologia em Saúde e Medicina Investigativa – Fiocruz Bahia.
DATA DE DEFESA: 24/11/2016.

RESUMO

Introdução: O gerenciamento e a análise de dados biológicos através de métodos computacionais modernos necessitam que, em alguns casos, os pesquisadores submetam seus dados para diversas aplicações diferentes, inclusive softwares distintos. Por conseguinte, configurações, parâmetros e comandos devem ser conhecidos, a fim de permitir o fluxo de informações entre as diversas ferramentas. A integração entre as ferramentas de bioinformática pode atenuar esta problemática abstraindo o fluxo de dados, tornando mais transparente para o usuário o processo de obtenção de tipos específicos de informação, como a identificação automática de vírus e seus subtipos.

Objetivo: Desenvolver ferramentas de bioinformática para a tipagem, genotipagem e de filotipagem para o Human T Lymphotropic Virus (HTLV) tipos 1, 2 ,3 e 4.

Material e Métodos: Primeiro analisou-se e modificou-se a ferramenta REGA Genotype Tool adicionando suporte para a genotipagem do HTLV tipos 1, 2 3 e 4. A segunda etapa aprimorou o HTLV-1 Molecular Epidemiology Database, reconstruindo seu banco de dados e as páginas web da aplicação. Adicionou-se a funcionalidade de login, download automático de dados e de auditoria e manutenção dos dados. O banco de dados passou a incluir sequências do HTLV-2, HTLV-3 e HTLV-4. Na terceira etapa, as ferramentas foram integradas através da construção de um Servlet no REGA Genotype Tool e de páginas específicas na aplicação de banco de dados capazes de realizar requisições e recuperar informações acerca das análises filogenéticas.

Resultados: A funcionalidade de genotipagem do HTLV-1 foi migrada para a nova versão do REGA Genotype Tool e adicionou-se a capacidade de genotipar os demais tipos do HTLV. Esta ferramenta foi otimizada visando um melhor desempenho e facilidades na inclusão de novos organismos no futuro. O Banco de Dados Público do HTLV-1 foi aprimorado: seu esquema foi normalizado e ganhou novas tabelas; As páginas foram refeitas utilizando padrões modernos de tecnologia web; Foram acrescidas as funcionalidades de login, download de sequências e auditoria e manutenção dos dados; E este passou a conter também sequências dos tipos 2, 3 e 4 do HTLV. Ocorreu a integração entre estas duas ferramentas, permitindo que o resultado de uma genotipagem seja recuperado pelo Banco de Dados e este possa realizar os tratamentos de arquivos e as consultas necessários para identificação dos tipos de vírus e seus subtipos.

Palavras-Chave: HTLV, bioinformática, genotipagem, banco de dados.

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