A proposta dos cursos de pós-graduação stricto sensu é formar pesquisadores, entendendo que a condução de pesquisa de qualidade é essencial para o bom desempenho do ensino universitário e do sistema de saúde.
O Mestrado tem como objetivo a obtenção de conhecimentos gerais da área de atuação do curso, aprofundamento dos conhecimentos
em disciplinas específicas do campo onde atua, além da exposição prática ao método científico por meio da execução dos experimentos necessários ao seu trabalho de conclusão do curso.
Nesta perspectiva o Mestrado tem dupla função: preparar alunos para a etapa seguinte da formação científica e melhorar o seu desempenho como professor. O Doutorado é visto como a etapa de formação do pesquisador independente. Tal formação se dá pelo trabalho orientado por pesquisador já formado, onde a dedicação, o estudo independente e os trabalhos específicos são mais importantes que o ensino ministrado em disciplinas.
O IGM conta com dois programas de pós-graduação stricto sensu acadêmicos com mestrado e doutorado: o Programa de Pós-graduação em Patologia (PgPAT) e o Programa de Pós-graduação em Biotecnologia em Saúde e Medicina Investigativa (PgBSMI), ambos classificados na área de Medicina II da CAPES. Além disso, desde 2020 oferta o Mestrado Profissional em Pesquisa Clínica e Translacional (PGPCT).
O PgPAT, fruto de um convênio com a Faculdade de Medicina da Universidade Federal da Bahia (Famed/UFBA), que tem ênfase nas áreas de imunopatologia de doenças infecciosas e crônicas, inserindo-se em Patologia Humana e Patologia Experimental, alcançou o conceito 6 na CAPES nas últimas três avaliações, sendo o melhor avaliado entre os cursos de Patologia do Brasil. Criado em 2005, o PgBSMI concentra-se nas áreas de Biotecnologia Aplicada à Saúde, Epidemiologia Molecular e Medicina Investigativa e Biologia Celular, foi avaliado com conceito 6, na última avaliação da CAPES. O PGPCT possui um mestrado profissional na modalidade híbrida, direcionado a pessoas formalmente vinculadas a instituições de assistência à saúde, com atuação nas duas áreas de concentração do curso: oncologia e vigilância da saúde.
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