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A Fiocruz Bahia desenvolve pesquisas com abordagem epidemiológica para determinar a prevalência da infecção pelo vírus Zika (ZIKV), para melhor caracterização das formas clínicas da infecção, com ênfase na infecção congênita, bem como pesquisas para identificar marcadores biológicos. No campo do HIV e do HTLV, outros vírus bastante prevalentes na Bahia, os grupos de pesquisa da instituição procuram entender aspectos da biologia do vírus, sobretudo pela busca de polimorfismos no seu genoma que podem levar a instalação das manifestações clinicas. São também realizadas pesquisas para melhor caracterização das manifestações clínicas e sua imunopatologia.

Há também, na Fiocruz Bahia, uma importante atividade de investigação nas hepatites virais, com abordagens epidemiológicas em estudos de determinação da prevalência, carga viral e fatores de riscos, além de investigações em epidemiologia molecular para caracterização de vírus circulantes em populações. Destacamos também estudos de avaliação da eficácia de vacinas contra a infecção pelo HPV, com papel de destaque da instituição em grandes estudos multicêntricos internacionais.