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As enfermidades parasitárias são a principal área de atuação da Fiocruz Bahia, com ênfase nas leishmanioses, doença de Chagas e helmintíases.

Os grupos de pesquisa da instituição trabalham intensamente tanto na Leishmaniose Cutânea quanto na Leishmaniose Visceral, com estudos dirigidos para a interação Leishmania-hospedeiro (humano e canino), no desenvolvimento de tecnologias aplicadas ao diagnóstico e no cuidado aos pacientes (novas drogas e vacinas). As pesquisas também estão voltadas para investigação de aspectos básicos da biologia do parasita, bem como de aspectos relacionados à patogênese e à inflamação.

Já a produção científica relacionada à doença de Chagas envolve estudos sobre o Trypanosoma cruzi  na busca por novas drogas derivadas de produtos naturais para o tratamento dessa patologia, além de promover uma interface com a medicina regenerativa, pois vem investigando no uso de células-tronco para promover a regeneração do tecido cardíaco.

Quanto às helmintíases, os pesquisadores da Fiocruz Bahia realizam estudos de base populacional sobre os efeitos da presença de Schistosoma mansoni, Toxocara e Ascaris no desenvolvimento da asma e atopia, assim como estudos envolvendo genética de população e alterações histopatológicas decorrentes da infecção por esses parasitas.