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As bactérias e micobacterias são causadoras de algumas das doenças responsáveis por grande número de óbitos no mundo, além de comprometer a qualidade de vida de milhões de indivíduos. Entre estas doenças, destacamos a leptospirose, que é um problema importante de saúde pública mundial, com cerca de um milhão de casos novos por ano, e que tem alta prevalência na Bahia. Entre as micobacterioses, destaca-se a tuberculose que é responsável, somente no Brasil, por cerca de 4,6 mil mortes por ano, de acordo com dados do Ministério da Saúde.

A Fiocruz Bahia realiza abordagens epidemiológicas para determinação de prevalência e fatores de riscos, além de avaliações prospectivas em vigilância epidemiológica em doenças causadas por Leptospira spp e Mycobacterium spp, dentre outras bactérias. Merecem menção os estudos tecnológicos, sobretudo na busca do desenvolvimento de testes diagnósticos para leptospirose e micobacterioses, assim como estudos visando a identificação de marcadores prognósticos e imunológicos, seguidos daqueles na investigação sobre patogênese.