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A Saúde Coletiva articula-se em um tripé interdisciplinar composto pela Epidemiologia, Administração e Planejamento em Saúde e Ciências Sociais em Saúde, com um enfoque transdisciplinar.

A Fiocruz Bahia possui grupos de pesquisa focados no desenvolvimento de estudos relacionados aos aspectos epidemiológicos das doenças infecciosas, desnutrição e asma, assim como na avaliação do impacto de intervenções, como vacinações, por exemplo, na população em geral.